比批阅奏章的权力更重要的，是接班人的问题。
同治皇帝死后，有关其接班人的选择乃至争论过程，在正史中没有任何记载，而在民间流传的野史当中，却存在大量的离奇和耸人听闻的版本。
说法之一，是当时皇后阿鲁特?宝音身怀有孕。果如此，当然必须等待她的临产，如果所生是男孩，继承人问题迎刃而解，如果所生是女孩，则再另行挑选接班人。而慈禧当时表示：“皇后虽已有孕，不知何日诞生，皇位不能久悬，宜即议立嗣君。”
恭亲王则认为：“皇后诞生之期不过数月，应暂秘不发表，如生皇子，自当嗣立，如所生为女，再议立新帝不迟。”其他王公大臣也几乎赞同恭亲王的意见，但慈禧却坚决反对，最后慈禧的意见压倒了恭亲王，光绪皇帝得以即位。
这个说得有鼻子有眼的段子，其实连野史都称不上，其来自约瑟夫?普利策写的《大清帝国外史》。而这本初版于1910年、畅销世界数十年的“历史巨著”，已经被无可争辩地确定为“伪书”——一部彻头彻尾的历史而已。作者创作同治皇后怀孕的灵感，估计就是来自于那与中国御史们一样“风闻言事”的《纽约时报》驻华记者。
说法之二，同治皇帝曾想立自己寻花问柳的哥们、恭亲王之子、贝勒载澄为接班人。据说同治皇帝已经要求其老师李鸿藻在病榻前起草这一传位诏书。但这一说法同样源自《大清帝国外史》，被世界范围内大量辗转摘引后，添油加醋，最后说是李鸿藻心中害怕，起草完后就到慈禧那里去汇报，慈禧一看大怒，下令将皇帝“尽断医药饮膳”，活活饿死了这亲生骨肉、少年天子。
说法之三，则是从下一辈的“溥”字辈选择。这一辈居长的是当时6岁的溥伦，但溥伦的父亲载治却是从远房过继给隐志郡王奕纬道光长子，咸丰皇帝和恭亲王的长兄，早夭的，不是近支亲室。血统不纯。这说法，同样源自于《大清帝国外史》而被广为转载，极不可靠。
尽管以上说法的来源都相当不靠谱。但也大致列举了当时可能的接班人选。从各方面衡量下来，载湉光绪作为接班人的确是相当合适的，尤其在血统上，他不仅是醇亲王奕擐之子，最纯正的天潢贵胄，而且其生母、醇亲王福晋正是慈禧太后的嫡亲妹妹，也就是说。慈禧太后身兼载湉的伯母和姨妈双重关系。这是其他皇侄们包括恭亲王的儿子们所无可比拟的。
而同治皇帝死后不久。皇后阿鲁特?宝音便也突然宣布流产，更使得外界议论纷纷。
根据中国官方公布的文件，这位皇后因为过于悲痛，“毁伤过甚，饮食俱废”，遂导致了流产。官方对她的评价很高，说她正位中宫后。“淑慎柔嘉，母仪足式。侍奉两宫皇太后，承颜顺志，孝敬无违。”她失去丈夫的悲痛是可以想见的，而一个21岁的健康的年轻女子，会因悲痛过度而导致流产，则是比较离奇的。
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