面对着南军败退的局面，部分军官展开了串联，继而发生了兵变，参加兵变的不仅有传统习惯上的亲柳派，还有一部分被杀军官的同事、朋友、同学，兵力占了城内赣内的六成以上。
赣督江潮在兵变身亡，亲南的部分赣军毫无准备而多被击溃，另外一部则加入了兵变者的行列，南军在南昌城内只驻有千多人，事发突然尽被缴械。
此外在南昌城内，南军驻有大型后勤机关和仓库甚多，原本是沿着浙赣路向前线发送补给，尽被兵变的赣军洗劫一空，不少赣军官兵都借着这次机会发了大财。
南昌一失，赣省局面已经不可挽回，莫敌急下总撤退令，南军各部撒开大腿疯狂向南跑，柳镜晓派部全力追击，但只歼灭后卫南军一部，而被南军收编的赣军和地方武装也纷纷反水，一路到处截击南军，劫得枪枝弹药甚多。
温台方面的南军也展开了总撤退，甚至连福建最北部也不要了，一直撤到福建才稳住了阵脚，而江西方面的南军也撤到赣南稳住阵脚。
在撤退过程，南军损失虽仅万余人，但是山地行军十分艰难，辎重和重装备丢弃甚多，甚至有重炮兵一个团撤至赣南时仅余火炮三门的例子，自北伐开始，南军的伤亡被俘总数高达十六万之多。
在这种情况下，莫敌担心的是柳镜晓会不会借机进攻两广，而不是北伐中原的问题，他当即把入湘的南军调回来，摆出保卫五岭的态势。
只是柳镜晓也没有继续进攻的力量，在军中多年，以此役部队伤亡最巨，前后伤亡减员累计六万多人，师长阵亡一人伤两人，副师长阵亡三人之多，团长伤亡者竟达二十六人之多，团长以下干部伤亡者不计其数，消耗的物资金钱更是一个天文数字。
而两广经营多年，尚有数十万雄兵，柳镜晓没有深入两广作战的雄心，在这种情况双方闪电式地展开了谈判，第二天谈判结果就出来。
根据谈判达成的协议，莫敌承认江西和福建两省是属于柳镜晓的地盘，在两省之内的南军全部撤出，但是柳镜晓不得在这两省之内驻扎大量部队，原赣军第一师可以驻扎在浙赣线沿线，在福州则可驻一团人，闽中闽南、赣南都只驻保安队不驻正规军。
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